Один из основателей Киево-Печерского монастыря преподобный Феодосий был погребен в 1074 г. в его келье в Дальних пещерах, которые по имени святого называют также Феодосиевими. Мощи преподобного были обретены в 1091 г. и торжественно перенесены в Успенский собор. В 1240 г., когда войска хана Батыя захватили Киев, мощи великого игумена во избежание осквернения были спрятаны. Место их сокрытия держалось в тайне и со временем забылось. Есть предположение, что они погребены либо под спудом Успенского собора, либо в Дальних пещерах.

Дальние пещеры были основаны как целиком отдельный комплекс. Изучение их истории усложняется тем, что в них не велись планомерные археологические исследования.

По мнению исследователей, древнейшей частью комплекса Дальних пещер следует считать Варяжскую пещеру, поскольку именно с этой пещерой связывается возникновение самой обители.

Во время раскопок 1988 г. было открыто келью прп.Феодосия - одного из основателей Печерского монастыря, которая была выкопана им не позднее 1058 г. Своды ее - в идеальном состоянии. Возле кельи прп.Феодосия находится самое большое пещерное сооружение - Феодосиевская церковь. Напротив церкви находится ниша, где в стеклянных и металлических сосудах сохраняются мироточивые главы.

В настоящее время в Дальних пещерах находятся три подземные церкви: Благовещения Пресвятой Богородицы, Рождества Христового и преподобного Феодосия. Изначально подземные церкви были намного меньше по размерам и значительно скромнее украшены. Но уже в первой половине ХVІІ в. подземные церкви Дальних пещер были расширены до современных размеров. Тогда их планы приобрели асимметричные формы. Пол этих церквей вымощен в 1826 г. прямоугольными чугунными плитами, некоторые из них украшены несложным орнаментом.

Первые работы по реконструкции Дальних пещер, как и Ближних проводились еще при Петре Могиле.

В Дальних пещерах почивают мощи 49 канонизированных святых.

В настоящее время общая длина подземных коридоров Дальних пещер составляет 293 м., Варяжских - 200 м.